Основной принцип систем естественной очистки (септиков) состоит в способности фильтрации сточных вод. При использования метода подземной фильтрации сточные воды сначала направляются в септик, т. е. в емкость практически без доступа воздуха, где происходит отделение взвешенных частиц и разложение части органических загрязнений анаэробными бактериями. Объем септика должен быть в 3 раза больше суточного объема поступающих в него сточных вод. Например, если в доме проживает 4 человека и каждый в среднем потребляет 250 л воды в сутки, то общий объем септика должен быть 3 м3.

Системы очистки сточных вод путем подземной фильтрации могут устраиваться как в водопроницаемых (песок, супеси), так и в водонепроницаемых (глина, суглинки) грунтах, при глубине грунтовых вод не менее 2 м, так как после прохождения через септик сточные воды очищаются приблизительно на 40 - 60%, а доочистку проходят в сооружениях подземной фильтрации, таких как фильтрующие колодцы, поля, траншеи подземной фильтрации.

Если фильтрационный колодец устанавливается в песчанных грунтах, вода, попадая в него, впитывается и одновременно очищается, проходя через песок, не угрожая грунтовым водам.

После очистки в траншеях или полях фильтрации, очищенная вода самотеком отводится в придорожную канаву (кувет) или в овраг. Если поблизости нет оврага или какой-то глубокой траншеи или ямы, то в таком случае для принятия очищенной воды необходимо строить дренажный колодец, вода из которого откачивается обычным электрическим поплавковым насосом.

Чтобы такая канализация в частном доме или на даче работала эффективно, требуется в среднем каждые 5 лет менять засыпку фильтрующих траншей. Основное преимущество очистной системы на основе септика в том, что получается полностью автономная загородная канализация, обладающая длительным сроком службы.

Септики отличаются достаточно простым устройством, возможностью скрытого монтажа, практическим отсутствием загрязнения участка или появления запахов, но обладают и рядом недостатков: проходимость септика определяет максимальный уровень использования воды (зачастую септик может быть перегружен после праздников, что может вызвать появление запаха и ухудшение работы), плюс отходы из системы не выводятся, что требует ежегодного осмотра и очистки раз в несколько лет, которая включает частичную замену грунта там, где вода поступает в почву.